帝国科学院，为最高科研机构，由原来的武备局演变而来；
帝国军工局，负责制造军工武器装备；
帝国情报局，负责收集整理情报、进行隐秘行动等任务。
这些部门除了部门的名称，长官的官职称为等，所有一切均是一应俱全，就连下设的分支机构和下级部门都被李患之一一标准，可谓是一份详细的组织架构及工作职能图表。
而第二份文牍上写的之天明帝国的军事改革内容，其中主要是对军队的架构进行了重新的规定，将各级单位及将领的官职也进行了系统的划分，其中规定除皇帝禁卫军之外，全国所有军队皆归国防部管理，而战时指挥权在五军都督府，五军都督府的大都督非常设官职，战时由皇帝任命，战后即免，避免大将拥兵自重。而大将军的职务也成为了荣誉职务，不再作为实际上的军队最高统帅。
新规规定，将原来天明帝国军队建制的十人一小旗，五小旗一总旗，两总旗一百户，十百户一千户、五千户为一卫，五卫为一军，分别以小旗官、总旗官、百户、千户、指挥使、将军为长官的建制彻底废除。
新建立了十人一小队，三小队为一旗，三旗为一司，三司为一营，五营为一旅，三旅为一军，五军为一府的战时主力作战建制，以队长、总旗、把总、千总、提督、都统、总督为各级长官，每府三十万一千九百九十八人；而在地方守备上，却区别于战时主力，将三营作为一团，五团作为一镇，以守备、镇抚使为长官，常驻地方守备，肃靖保民，守卫一方。
而海军方面也做出了相应的规划，以一艘战舰为基本单位，由舰长为长官，三舰为一中队，三中队为一大队，三大队为一支队，三支队为一分舰队，三分舰队为一舰队，共计作战舰艇243艘，以舰长、管带、统领、指挥使、提督、都统为长官统辖各级作战单位。
以上建制成为天明帝国的常规军事建制，最后统归国防部及东南西北中五府军管辖，每年军费预算都可以提前计划好，不至于出现靡费无度的情况，由于是以现在军队数量为基础再扩编整编，故而之后一旦落实就不易变动，即便出现战损也是按照这个数量进行补充，故而吃空额军饷等弊政便可以在很大程度上制止，成为日后天明帝国征伐四方的有利机制。
军职上，总督成为每府的最高军事长官，大将军成为荣誉职衔，不再掌握管理军队的权力，又增设骠骑将军、车骑将军、卫将军三种荣誉职衔，授予战功极高人员及临战指挥的最高将领。
除了国防部及五军都督府的军事体系之外，又设立禁卫军，分别建号为龙骧、虎贲、豹韬、飞熊、凤翔、鹰扬、广武、兴武、宣武、振武、英武、雄武、天策、神机、骁骑、神威、金吾、羽林十八营，每营按直属团建制五千人，总计九万人，由段雄威为禁军总领授卫将军衔加以统辖。
禁卫军负责戍卫京畿皇宫，是李患之的亲军，不受任何机构管辖，即便是段雄威也只有按女皇旨意统带之权，没有擅自调动之权，所以这支兵马是李患之给自己设置的兵权，其中龙骧、骁骑两军为骑兵，虎贲、豹韬、飞熊、凤翔、鹰扬皆是精锐攻坚重甲步兵，广武、兴武、宣武、振武、英武、雄武六营为精锐轻步兵及弓弩混合部队，天策为重甲守卫部队，神机为火枪营，神威为火炮营，金吾、羽林为李患之的戍卫亲兵，分别由许俦及云破军兼任指挥使之职。
这支禁军集合了李患之麾下最为精锐的部队组成，唯李患之之命是从，绝对的忠诚可靠，是李患之掌握中央机枢的武力保障，当然他最大的底牌还是他自己体内的那股神秘力量，但那不是可以轻易动用的力量，他现在还是要以平常人的方式来处理问题，不能过于惊世骇俗。
这一切的改革政策都要等到迁都之后才能施行，所以李患之先行说动了几位中枢阁大臣赞同迁都，之后才拿出这份文牍让他们一一过目，待众人观看已毕，均是长出了一口气，心中暗想女皇陛下这真是前所未有的大动作啊，这些机构和官职称谓可谓是闻所未闻，但是按照这文牍所述，那职能却是事无巨细均可包罗，也算是无懈可击。
李患之与几位中枢大臣逐一商议了这些设想的方案，在施梅婵、艾世章等人的建议下，又补损增益弥补了许多细节，几位大臣从上午时分来到东暖阁议事，一直商讨到旁晚时分日落西山方才作罢。
李患之看了一眼窗外已经被宫墙遮住的太阳，喝了一口面前的茶水，对身后站立的唐英婉吩咐道：“英婉，你去传膳吧，今日几位大人都辛苦了，朕要与几位大人共进晚膳！”
“遵旨！”唐英婉答应一声，躬身退下，去御膳房传旨去了。
不过多时，唐英婉回来复命，只说是御膳房已经将晚膳准备妥当，设宴在含元殿，请陛下及几位大人前去用膳。
李患之闻言点了点头，微笑着对几位中枢阁大臣言道：“晚膳准备好了，今天你们都辛苦了，就在这陪朕一同进膳吧！走吧！”说罢，李患之起身朝暖阁之外走去。
众大臣躬身称谢，鱼贯跟随李患之出了东暖阁朝不远处的含元殿而去，来到殿中各自落座，李患之招呼众人进膳，正饮宴之间，萧妙贞却从门外进来与唐英婉低语了几句，面上带着一丝笑意。唐英婉听罢萧妙贞的话语，也是展颜一笑，又对萧妙贞做了个手势，萧妙贞这才轻摇莲步向李患之走来，附身低声启奏道：“陛下，岐凉城传来消息，德玛拉大陆那些外族已经来消息了，说是愿意用赎金赎回那些俘虏，说是还要派来使者到京城面见陛下，好像是来请罪的！”
“请罪？”李患之听闻萧妙贞的话语，接过她手中的奏报，轻轻展开看了一眼，上面是岐凉城的守备官徐显的报告，当初这位徐二蛮被李患之耍的团团转，后来助李患之拿下了斜城，立有功勋，凉州北部之战李患之把他留在岐凉城协助左英升处理后勤事宜，这家伙也是不负众望，办理的井井有条，就连左英升这样的宿将都是对其赞誉有加，李患之也不吝高官相授，封其为岐凉太守，总摄凉州南部诸事，徐显一跃成为了炙手可热的地方大员。
徐显坐镇岐凉城多日，近些日子便有些德玛拉大陆的国家使者前来拜访，提交了所谓的“国书”，徐显虽然不知道这里面的含义，但他也知道一定是有很重要的内容，于是他不敢怠慢，将这些国书收好，亲自带领随从一路快马加鞭向京城赶来，日夜兼程风急火燎的跑了十多天终于赶到了京城，前来皇宫求见，通报到萧妙贞这里，萧妙贞当初也是见过徐显的，也算是故交了，只是萧妙贞一想起当年这徐显被女皇陛下耍的团团转便觉好笑，而且当初她在病中，要不是这徐显忙前忙后给自己找来医生诊治，恐怕自己早就一命呜呼了，从这里而言这徐显也算是自己的救命恩人，于是萧妙贞赶紧命人将其带来含元殿等候，自己却拿上那些国书进殿呈报给李患之。
李患之接过这些书信，却是一个个用竹木所制的小筒，他随意打开一个将其中的书信倒出，居然是羊皮所制的信函，李患之展开观看，只见上面写的都是德玛拉大陆的文字，李患之之前再于德玛拉那些贵族的接触之中已经完全掌握了德玛拉大陆的语言和文字，这些信函的内容却是难不倒他，他定睛观看，却是不由嘴角露出一丝笑意。